針灸既然屬於對疾病的治療，所以必需基於有一個診斷後，才考量何時，何處及如何施行針灸的操作，（對中國醫學如何作診斷在另章討論）。接受治療者最好不要在飢餓或極度衰弱情形下，接受針灸治療，因為針灸作用在刺激體內氣的運轉，所以對以上兩種人是太過強烈的。治療時要自然放鬆，體會針刺帶來的感受，比較敏感的人是可以感覺到入針後氣動的情形，得到的效果更好。

       醫者在決定施術的穴位後，先行定位，後採取必要清潔措施，在國外是要求針刺「消毒技術」clean needle technique的執行，而且在發執照前必需經過課程訓練，實習及考試的步驟，但在中國大陸有些地方還直接在外貫穿衣服以後向身體作穿刺的，不過以目前新科學觀念來看「消毒技術」實在是必要的。選用適合的針，包括粗細，長度的考量，在選好的穴位上刺入，刺入後一般採用留針的處置，即讓針留在穴位上一段時間，或採用「運針」手法，活動針體增加治療的效果。待15-30分鐘後，進行針的取出，結束治療。選穴依據經絡學說為主，諸如五行克補，遠處取穴，對側取穴，急病用腹腧穴，或奇經，奇穴，阿是穴等方法，主穴及配穴的應用除了由書本上可學知外，經驗還是佔很重的比例。

      針刺一般是不會感覺到疼痛的，多半的感覺只是脹、酸、麻等，由於每個人身體結構有些差異，末稍神經及小血管的走向不盡相同，在針刺時可能會刺到末稍神經或血管，醫者只要移動針的位置或深淺即可改正，不產生影響，在此亦可証明「消毒技術」是有必要的。