採用針灸治療，是依據經絡與穴位理論而進行的。所謂經絡是人體內「氣」的通道，縱走者為經，互交連絡橫走的為絡。人體中的活動是由「氣」，亦即能量或磁場變化而發動周旋的，氣的運轉則循經絡而行。人體中可分十二條正經及八條奇經組成一個網路，在每條經絡上有著特殊的站，即穴位來連結的，因為經絡的網絡聯繫，內部器官的病變可引起表淺的關聯，亦即刺激體表的穴位，藉網絡的傳達，可將信息傳至器官，改變器官的狀態。傳統醫學對病症看法，即組織或細胞等變化，是由於不平衡狀態而引發的，所謂陰陽亦可看作正反極端，或是過盛過虛的情形，太陰或太陽性都是病態，亦即不平衡的狀態，因此若能將這不平衡的狀態改善，恢復平衡時，病症即會減退。針刺穴位即給與一種力量，使身體過盛時得宣洩，過虛時得補助。

      有關經絡或穴位是否存在，是研究科學的學者，或西方醫學的醫者所要求証實的。有許多用西方科學來解說氣、經絡、穴位的存在，一般相信針刺，可使腦部釋出一種化學物質，稱內啡呔Endophins，這種物質具有麻醉及其他作用，這種假說已被証實，故針灸有利用在手術時的麻醉。另外以顯微解剖方法觀察，發現穴位所在的地方聚集更多神經末稍或受體，刺激這些位置，自然有明顯的作用及利用神經系統將刺激傳達出去。經絡的存在也利用光電或核磁方法可以顯示。不管理論或實驗是否可以解釋經絡或穴位的功能，數千年來中國針灸學不但不被消除，反而傳播至日本、韓國、歐洲、美洲大陸，不但人體上可採用，還可施之於動物（牛、馬、寵物，甚至金魚都有治療效果的記載），更可施於植物上（有報告用針灸插入黃豆莖裡可使葉片溫度升高），若懷疑人類接受針灸的效果，是心理提示作用suggestion或是催眠效果，則在動物植物的反應正是一個很好的反証。